Ở trận đấu giữa Campuchia và Lào tại bảng B, trọng tài người Indonesia Aprisman Aranda không công nhận bàn thắng cho Campuchia ở phút 76, mặc dù góc quay chậm trên truyền hình cho thấy bóng đã đi qua vạch vôi. Kết thúc trận đấu, đội tuyển Lào giành chiến thắng trước Campuchia với tỷ số 2–1, qua đó Campuchia chính thức bị loại khỏi giải đấu. Liên đoàn bóng đá Campuchia (FFC) đã chính thức đệ đơn phản đối lên AFF về vấn đề này. Đáp lại sự phản đối của Campuchia, AFF cũng đã gửi một bức thư xin lỗi đến liên đoàn bóng đá nước này.[2]

Trận đấu cuối cùng của bảng A giữa Việt Nam và Thái Lan đã diễn ra đầy tranh cãi. Tỷ số hòa 1–1 sau 90 phút đủ để cả hai đội vào bán kết, còn chủ nhà Indonesia bị loại dù có cùng điểm và hiệu số bàn thắng bại. Điều này dựa trên tiêu chí thành tích đối đầu giữa ba đội, theo Điều lệ và Quy định của Giải đấu. Tuy nhiên, điều đáng chú ý là sau khi có bàn thắng gỡ hòa 1–1, Việt Nam và Thái Lan được đánh giá là đã chơi không sòng phẳng, khi mà cả hai đội được cho là cố ý làm chậm nhịp độ trận đấu sau khi đã chắc suất vào bán kết trong 15 phút cuối. Các cầu thủ Việt Nam chỉ chơi bóng xung quanh phần sân của mình mà không bị các cầu thủ Thái Lan gây sức ép, trong khi các cầu thủ Thái Lan nằm sân vì chấn thương dù không hề chạm bóng.

Cho rằng U-19 Việt Nam và U-19 Thái Lan đã cố tình thi đấu không hết sức để loại đội chủ nhà, ngày 12 tháng 7 năm 2022, Hiệp hội bóng đá Indonesia (PSSI) đã gửi đơn khiếu nại lên AFF, thậm chí còn gửi 1 bản sao để báo cáo vụ việc lên Liên đoàn bóng đá Châu Á (AFC) và thế giới (FIFA) về trận đấu.[3][4] Mãi đến ngày 30 tháng 7, AFF mới có văn bản trả lời chính thức PSSI, nêu rõ không có dấu hiệu vi phạm trong 12 phút cuối trận đấu giữa Việt Nam và Thái Lan. PSSI sau khi nhận được văn bản trả lời của AFF đã cho biết họ sẽ không còn bất cứ khiếu nại nào nữa.[5]

Huấn luyện viên đội tuyển quốc gia Indonesia Shin Tae-Yong chỉ trích các quy định của AFF đã lỗi thời, “Quy định của giải đấu này thật kỳ lạ vì AFF vẫn đang sử dụng nó, mặc dù FIFA và AFC không còn sử dụng nó nữa. Vì vậy, đối với chúng tôi việc không thể lọt vào bán kết không có ý nghĩa gì cả”.

Ngày 12 tháng 7 năm 2022, cơ quan quản lý bóng đá Indonesia PSSI đã chính thức gửi thư phản đối tới AFF về cáo buộc dàn xếp tỷ số giữa Việt Nam và Thái Lan.[6] Với AFF trả lời rằng không có vấn đề gì với nó.[7]